С распадом Советского Союза прекратило существование МВД СССР и соответственно его Главное управление внутренних войск.
В МВД Российской Федерации создано Главное управление командующего внутренними войсками. С января 1992 года в этой должности состоял генерал-полковник В.Н. Савин. С декабря 1992 года заместителем министра внутренних дел России - командующим внутренними войсками был генерал-полковник А.С. Куликов. В июле 1995 года он назначен министром внутренних дел, а руководить внутренними войсками стал генерал-лейтенант (в последующем генерал-полковник, Герой России) А.А. Романов, с декабря 1995 года - генерал-лейтенант (позже генерал-полковник) А.А. Шкирко.
24 сентября 1992 года был принят Закон «О внутренних войсках Министерства внутренних дел Российской Федерации». В нем содержится четкое правовое обоснование прав и обязанностей войск, порядок их взаимодействия с органами власти на местах, вопросы социальной защиты военнослужащих, применения сил и средств при выполнении поставленных задач.
Закон определяет, что внутренние войска входят в систему МВД РФ и призваны защищать интересы личности, общества и государства, конституционные права и свободы граждан от преступных и иных противоправных посягательств.
Одной из задач этих войск является участие в территориальной обороне Российской Федерации. Закон РФ «Об обороне» определяет, что для обороны с применением средств вооруженной борьбы создаются Вооруженные Силы Российской Федерации. К обороне могут привлекаться также пограничные, внутренние войска, войска безопасности РФ, войска правительственной связи, железнодорожные войска, войска гражданской обороны.
Реформирование пенитенциарной системы связано с именами руководящих работников МВД России П.Г. Мищенкова и Ю.И. Калинина и предусматривает, прежде всего, обновление правовой базы ее функционирования, которая бы по своей сути соответствовала правовому государству. Однако рассмотрение и принятие нового законодательства зависит от многих факторов, и на это требуется длительное время. Поэтому в создавшихся условиях ГУИН МВД России под руководством П.Г. Мищенкова, Ю.И. Калинина избрало реальный и наиболее приемлемый путь - постепенное обновление действующего законодательства.
В июне 1992 года был принят Закон «О внесении изменений и дополнений в Исправительно-трудовой кодекс РСФСР, Уголовный кодекс РСФСР и Уголовно-процессуальный кодекс РСФСР, который определил основные направления реформирования исправительной системы. Согласно названному закону, осужденным впервые гарантированы свобода совести и вероисповедания. Законом также предусмотрено право осужденных на личную безопасность. Должностные лица ИТУ обязаны незамедлительно принимать меры по заявлению осужденного о грозящей ему опасности.
В настоящее время работающие осужденные получили право на отпуск. Определенным категориям из них отпуск предоставляется с правом выезда за пределы исправительного учреждения.
Приняты и другие меры, направленные на гуманизацию условий отбывания уголовного наказания в виде лишения свободы.
Важным шагом в реформировании пенитенциарной системы стало принятие в июле 1993 года Закона Российской Федерации «Об учреждениях и органах, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы». Этим законом определены основы деятельности учреждений и органов, исполняющих наказания, составляющих единую уголовно-исполнительную систему. Предпринимаются и другие меры по реформированию практики исполнения наказаний.
Следует отметить, что в сложных условиях переходного периода система ИТУ показала свою устойчивость и прочность, способность руководителей и личного состава не только адаптироваться к этой обстановке, но и профессионально повлиять на ее стабилизацию.